Uno scavo di emergenza, realizzato all'interno dell'aula tra il 1989 e il 1990 dalla Soprintendenza archeologica del FVG, ha messo in luce strutture sovrapposte riferibili a più fasi. Si segnalano il ritrovamento di un recipiente contenente 1164 monete di età bassomedievale occultate entro la metà del XIII secolo contro il muro di facciata della chiesa, il reimpiego di due frammenti architettonici romani nelle strutture successive e il ritrovamento di un laterizio con bollo [L. EPIDI.]THEODORI.
I fase: età tardoromana. A questa fase viene assegnato un edificio, con murature in ciottoli, formato da almeno 3 ambienti la cui funzione non è del tutto chiara. II fase: età altomedievale. Successivamente alla distruzione dell'edificio romano, l'area sarebbe stata occupata da una necropoli di cui è stata rintracciata una sepoltura dubitativamente datata al VII sec. d.C. III fase: IX secolo d.C. Costruzione del primo edificio ecclesiale con aula rettangolare e abside sul lato breve orientale. Pertinenti a questo edificio sono un piano pavimentale in lastre irregolari spesso di riutilizzo, alcuni oggetti di arredo liturgico tra cui un pluteo di recinzione, un frammento di capitello e una croce in pietra. IV fase: XI-XIII secolo. Costruzione del campanile della chiesa e di un nuovo pavimento in tavelle di cotto. Al XIII secolo risalirebbe anche il ciclo di affreschi dell'arco trionfale. V fase: XVI secolo. Interventi di risistemazione (nuovo ciclo di affreschi, realizzazione della cripta, nuova pavimentazione in finto cocciopesto, collocazione di un nuovo altare e di un'acquasantiera). Consacrazione nel 1548. VI fase: XVIII secolo. Demolizione dell'abside e realizzazione dell'attuale presbiterio.
Tiussi C., "Al principio del Muro Ingian, ovver vestigia". Le campagne di scavo archeologico del 2006-2009 in località Fredda di Ruda (Udine), (Quaderni del territorio 2)., Ruda (UD) 2010
Tesoro Perteole, Un tesoro a Perteole: la chiesa dei Ss. Andrea e Anna- campagne di scavo 1989-1990, Ruda (UD) 2000
Tagliaferri A., Coloni e legionari romani nel Friuli celtico. Una ricerca archeologica per la storia, Pordenone 1986, 3